Dinámica evolutiva del uso de codones para el virus de la peste de pequeños rumiantes

El virus de la peste de los pequeños rumiantes (PPRV) es un importante agente de enfermedades virales contagiosas, agudas y febriles en los pequeños rumiantes, mientras que su dinámica evolutiva relacionada con el uso de codones sigue siendo inexistente. En este caso, adoptamos la entropía de la información, los valores relativos de uso de codones sinónimos y los índices de similitud y de adaptación de codones para analizar las características genéticas virales de 45 genomas completos disponibles del PPRV.

Algunas características  genéticas universales, específicas de linaje y específicas de genes presentadas por los usos de codones sinónimos de los seis genes del PPRV que codifican las proteínas N, P, M, F, H y L reflejaron plasticidad e independencia evolutiva.

La elevada adaptación del PPRV a los hospedadores en los usos de codones reflejaba una elevada expresión de los genes virales, pero algunos codones sinónimos que son raros en los hospedadores fueron seleccionados en altas frecuencias en los genes virales.

Otra característica genética evidente fue que los codones sinónimos que contenían dinucleótidos CpG tenían una débil tendencia a ser seleccionados en los genes virales. Los patrones de uso de codones sinónimos del PPRV aislado durante 2007-2008 y 2013-2014 en China mostraron una vía evolutiva independiente, aunque los patrones generales de uso de codones de estas cepas del PPRV coincidieron con los patrones universales de uso de codones del linaje IV.

 

 

 

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